近年来,二代建库测序技术的周期显著缩短,同时在测序市场中,第二代短读长技术依然占据主导地位。然而,自2008年以来,第三代测序技术借助其独特的长读长优势和无需PCR扩增的特点,已经实现了对单个DNA分子的直接测序,广泛应用于基因组拼接、病原体研究及突变鉴定等领域。
第三代测序原理
第三代测序技术,又称为单分子DNA测序,通过现代光学、高分子和纳米技术等手段,区分碱基信号差异,从而直接读取序列信息。目前,市场上的主流第三代测序技术包括尊龙凯时人生就博(Pacific Biosciences)公司的SMRT技术和牛津纳米孔技术(Oxford Nanopore Technologies)。相较于前两代技术,第三代测序的一个显著特点是单分子测序,其中SMRT技术依靠荧光信号进行测序,而牛津的纳米孔单分子测序技术则利用不同碱基产生的电信号。
第三代测序的应用
长读长测序的第三代测序平台,已在复杂动植物基因组、微生物基因组、全长转录组以及人类基因组变异检测等研究领域得到广泛应用,帮助解决这些领域的技术瓶颈。在临床疾病检测中,第三代测序在基因组结构变异、短串联重复/微卫星及甲基化检测等遗传病和肿瘤基因检测方面展现出独特优势,目前基于第三代测序技术的遗传病基因诊断产品层出不穷,助力科学界的持续进步。
三代文库制备的DNA/RNA质量控制
文库制备中,DNA/RNA的质量至关重要。不同的提取方法可能导致样品中残留的化学试剂抑制酶活性,同时DNA/RNA的完整性会影响文库制备效率,从而影响测序质量。对于样品质量要求如下:
- 纯度:无RNA或DNA、蛋白质污染(需专门适配长片段提取试剂盒);
- 浓度:≥30ng/μL;
- 完整性:无降解,平均片段大小30kb,RNA RIN值≥8;
- 样品量:DNA≥1μg(不同数据量需求略有不同);
此外,建议使用TE缓冲液长期储存高分子量(HMW)gDNA。
三代文库制备的数据质量控制
三代测序在数据质量控制上与二代测序的Q20/Q30标准不同,其单碱基的准确性无法直接用于衡量数据质量。通常,测序数据的长度是评估其质量的关键因素。高质量文库生成的数据长度通常较长,而低质量文库生成的数据则普遍较短。
对于PacBio测序数据,质量控制指标包括数据产出(G)、酶读长、插入片段长度及subreads N50。对于纳米孔测序数据,则需关注数据产出(G)、平均读长、平均质量值(Q)、Read length N50及最长reads长度和质量值。长度分布和平均Q值是最重要的两个质量指标。
尊龙凯时人生就博的产品选择指南
尊龙凯时人生就博致力于研发多款适配纳米孔平台的建库试剂盒,以满足不同客户的需求,进一步推动科学研究和临床检测的精准与高效。
- 连接法建库: Hieff® DNA Library Prep Kit for ONT (货号: 13301ES)
- 末修加A模块: Hieff® DNA Endprep & dA-Tail Module for ONT (货号: 13302ES)
- Barcode接头连接模块: Hieff® DNA Endprep & dA-Tail Module for ONT (货号: 13303ES)
- 马达蛋白接头连接模块: Hieff® Adapter Ligation Module for ONT (货号: 13304ES)
- 片段化/末修/加A模块: Hieff® Adapter Ligation Module for ONT (货号: 13309ES)
- 长片段高保真扩增酶: Hieff NGS® Multiplex Long PCR Master Mix (货号: 17228ES)
- 配套建库产品: Hieff NGS® DNA Selection Beads (货号: 12601ES)
- dsDNA HS Assay Kit (货号: 12642ES)
通过这些优质产品,尊龙凯时人生就博将为科研和临床检测领域提供更高水平的支持!